Kapan dan Bagaimana SMP Kanisius Kalasan Berdiri. Sejarah sekolah ini sampai dikelola oleh Yayasan Kanisius Yogyakarta sangat panjang. Mulai tahun 1946 Gereja Katolik Kalasan membangun sekolah katolik tingkat menengah untuk melengkapi kegiatan kerasulan paroki. Atas rintisan Bapak St. Murtisusanto dan Bapak R.Y. Suwondo serta mendapat dukungan dari Rm. Prof. Dr. P. Zoetmoelder, SJ yang memegang wilayah Kalasan, berdiri SMP Katolik yang diberi nama SMP AMKRI (Angkatan Muda Katolik Republik Indonesia). Pada saat agresi militer Belanda kedua meletus, para pemuda katolik dan pelajar harus masuk dalam Pertahanan Rakyat (Hanra) sehingga kondisi SMP AMKRI tidak bisa beroperasi lagi. Setelah peristiwa Yogya kembali, SMP beroperasi kembali. SMP AMKRI yang dipimpin Bapak Murtisusanto dan Bapak R.Y. Suwondo bertempat di SD Negeri Tanjungtirto, Berbah, Sleman. Dalam perkembangannya Rm. Paroki dan umat mulai memperhatikan pentingnya pendidikan dan mengusulkan agar sekolah ini dipindahkan ke Kalasan agar lebih dekat dengan Gereja dan bisa mendukung kegiatan kerasulan Gereja. Kemudian sekolah ini dipindahkan ke dusun Dogongan yang terletak di depan Stasiun Kereta Api Kalasan. Selanjutnya sekolah ini diserahkan kepada Persatuan Guru Katolik (PGK). Pada tahun 1963 Pastor Y. Holven SJ, mendirikan bangunan SMP PGK yang berdekatan dengan bangunan gereja, selanjutnya SMP PGK berganti nama menjadi SMP Pancapana. Pada tanggal 1 Agustus 1965 SMP Pancapana diserahkan pengelolaanya kepada Yayasan Kanisius Cabang Yogyakarta dan berubah nama lagi menjadi SMP Kanisius Kalasan.